Eleanor aime Conor, et Conor aime Eleanor. Que se passe-t-il lorsqu'un couple vivant en parfaite harmonie se retrouve soudain confronté à un événement tragique? Les deux s composant The Disappearance of Eleanor Rigby racontent la même histoire d'amour, adoptant le point de vue de Conor dans Him et celui d'Eleanor dans Her, se renvoyant l'un à l'autre et s'emboîtant comme les pièces d'un puzzle.