Une catastrophe d'une ampleur sans précédent s'est abattue sur notre planète, causant la mort de la moitié de la population et laissant le monde meurtri à tout jamais. Après cet évènement terrible que l'histoire retiendra sous le nom de "Second Impact", les survivants reprennent peu à peu leur vie quotidienne. C'est alors qu'un adolescent de 14 ans, Shinji Ikari, est convoqué à Tokyo 3 par son père.
Au même moment, une créature géante, un "Ange" apparaît sur la ville. Shinji est conduit au quartier général de la NERV, une organisation ultra secrète, afin d'y rencontrer son père, Gendô Ikari, qu'il n'a pas vu depuis 10 ans. Celui-ci lui révèle que la NERV a développé une arme humanoïde gigantesque dans le plus grand secret. Il ordonne à Shinji de prendre immédiatement les commandes de ce géant et d'aller affronter l'Ange. C'est ainsi que Shinji fait la connaissance de l'Eva-01.

Titre original : Evangerion shin gekijôban: Jo