Yûsei se fait voler l'une de ses plus précieuses cartes et se retrouve projeté dans le passé, où il rencontre Jûdai et Yûgi. Ensemble, ils vont tenter d'arrêter Paradox, un nouvel ennemi qui veut empêcher Pegasus de créer le Duel de Monstre. Mais ils auront fort à faire, La partie est loin d'être gagnée d'avance...TITRE ORIGINAL : Gekijouban Yuu Gi Ou - Chou Yuugou! Toki o Koeta Kizuna