Après un contact avec une mystérieuse substance chimique, quatre tortues vivant dans les canalisations new-yorkaises se transforment en tortues géantes. Formés par un vieux rat sage, Leonardo, Michaelangelo, Donatello et Raphael, par ailleurs amateurs de pizzas, apprennent les techniques des guerriers ninjas afin d'affronter le terrible Shredder dans le but avoué est d'asservir les mondes.