Utah, 1912 : l'adolescent Indiana Jones surprend dans une caverne des pilleurs de trésors archéologiques. Il subtilise leur plus belle pièce afin de la remettre à un musée. Poursuivi par les trafiquants, il acquiert ses signes distinctifs : le fouet le feutre cabossé, la cicatrice au menton et une phobie tenace des reptiles. Vingt-six ans plus tard, Indiana partage son temps entre ses cours d'archéologie et des chasses au trésor qui le conduisent dans les endroits les plus reculés de la planète. Un jour, le riche collectionneur Walter Donovan lui apprend que son père, le professeur Henry Jones, parti à la recherche du Saint Graal, a disparu. Indiana se rend à Venise, où son père a été vu pour la dernière fois. Avec son ami Marcus Brody et Elsa Schneider, l'assistante d'Henry, il décrypte certains indices attestant l'existence du Graal.