Après avoir remercié Kaoru Takei Emi qui tentait désespérément de l'arrêter, Kenshin Sato Takeru se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu'à maintenant : Shishio Fujiwara Tatsuya, l'homme que tout le monde craint. Mais c'est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.