Sur les rives escarpées d'un Japon fantasmagorique, un jeune garçon nommé Kubo Art Parkinson vit dans une grotte, en haut d'une falaise. S'il a l'air d'un vagabond dépenaillé, il est pourtant aussi attentionné qu'intelligent et vit une existence modeste de conteur de rue. Jour après jour, il régale des histoires les plus folles, les habitants de ce petit village de pêcheurs, en les illustrant de personnages en origami qui prennent littéralement vi au son de son Shamisen un instrument musical magique. Hosato George Takei-, Hashi Cary-Hiroyuki Tagawa et Kameyo Brenda Vaccaro, sont ses spectateurs les plus fidèles. Le soir, le jeune garçon rejoint sa mère qui semble sombrer dans une mystérieuse transe entre le lever et le coucher du soleil.